Posta di fronte al Palazzo del Bargello, la Chiesa cristiana evangelica dei Fratelli occupa la parte presbiteriale dell’antica chiesa cattolica di S. Apollinare. L’edificio, fondato probabilmente prima della dominazione bizantina della città (552-568 d.C.), si affacciava su piazza S. Firenze e presentava un chiostro con porticato, ancora visibile nell’attuale giardino.
La chiesa fu sconsacrata nel 1756 per ordine del granduca Francesco Stefano di Lorena e diventò un annesso del Bargello come tribunale e carcere dell’Inquisizione. Con la soppressione nel 1782 di quell’organismo ecclesiastico in Toscana, le celle furono adibite prima a carcere civile e successivamente divennero dei magazzini comunali.

A seguito dell’Unità d’Italia fu permesso agli evangelici italiani di professare la propria fede e la piccola comunità evangelica fiorentina, che fino a quel momento aveva dovuto subire una dura repressione che l’aveva costretta alla clandestinità, operò una raccolta fondi per l’acquisto di quel locale. Dopo la ristrutturazione in stile neogotico e l’abbattimento del solaio, lo stabile di via della Vigna Vecchia aprì il 7 novembre 1880.

Ancora oggi i locali appartengono alla Chiesa cristiana evangelica dei Fratelli e vengono utilizzati per il culto e le varie attività ecclesiastiche. La domenica ospitano anche una Chiesa evangelica coreana e, inoltre, sono in parte utilizzati dall’ufficio nazionale dell’associazione evangelica Gruppi Biblici Universitari (GBU).