Il complesso che ospita la chiesa metodista di via De’ Benci è ricco di storia e curiosità. Le prime tracce di quegli edifici risalgono all’XI secolo e fanno riferimento alla cosiddetta Chiesa di San Jacopo fra’ i Fossi che prendeva la sua denominazioni dal fossato che correva lungo le mura della città. L’edificio di culto, in stile romanico, comprendeva un complesso abitato dai monaci benedettini di Vallombrosa.
Nel Cinquecento la chiesa e il convento vennero assegnati ai frati Agostiniani e nel secolo successivo l’edificio venne dotato di un impianto a navata unica con altari laterali, ancora visibile oggi.

Nel 1808 il convento fu soppresso e nel 1849 anche la chiesa fu sconsacrata. I locali, ormai rimasti vuoti, divennero sede di un deposito militare ma alcune tracce delle antiche decorazioni sono tuttora presenti: si tratta del soffitto ligneo e di una tela poligonale ad opera di Alessandro Gherardini, databile all’incirca al 1690.
Il complesso conobbe a metà Ottocento altre destinazioni d’uso e nel 1874 fu acquistato dal pastore John Mac Dougall, tesoriere della Chiesa Libera Scozzese, e donato alla Chiesa Libera Italiana dell'ex sacerdote cattolico Alessandro Gavazzi. In quello stesso periodo lo stabile divenne anche sede dell’Istituto Evangelico Italiano.

Nel 1905 passò alla Chiesa Metodista Wesleyana che nel 1946 confluì nella Chiesa Evangelica Metodista d’Italia.

Nei primi anni del Novecento il complesso di Via De’ Benci ospitò l'Orfanotrofio Enrico Pestalozzi che, nel 1943, venne accorpato all'Istituto Gould, trasferendo la sua sede in via de' Serragli.